미국 기업 "특허료 세금 돌려달라" 줄소송 나설 땐 국세 3조 증발

정부, 과세 근거 마련했지만
"국내 미등록 특허 과세 부당"
대법 판결에 미국 기업 환급소송

미국 기업들이 한국에서 받은 자사의 특허사용료에 부과된 세금을 취소해 달라는 소송과 행정절차에 잇따라 나서고 있다. 대법원이 한국에 미등록된 특허에 대한 과세는 위법하다고 잇따라 판결한 데 따른 것이다. 미국 기업들이 ‘줄소송’에 나설 경우 한국은 3조원 이상의 세금을 이들 기업에 돌려줘야 할 것이란 전망이 나온다.

25일 기획재정부와 국세청 등에 따르면 ‘특허괴물’로도 불리는 미국 특허관리회사 NTP인코퍼레이티드는 한국 과세당국을 대상으로 21억원의 법인세 경정거부처분 취소 청구소송을 서울행정법원에 제기했다. 국내 대기업이 NTP 보유 특허를 사용하고 낸 로열티에 대해 원천징수당한 세금을 돌려달라는 것이다.

앞서 마이크로소프트(MS)도 삼성전자에서 받은 특허사용료 관련 법인세 6340억원을 환급해 달라며 지난달 국세청에 ‘경정청구’를 냈다. 국세청은 이번 경정청구를 거부할 가능성이 높아 MS와도 행정소송을 벌일 것으로 예상된다.

과세당국은 NTP와 MS 외에도 미국 기업들의 세금 환급 요구가 잇따를지 촉각을 곤두세우고 있다. 국내 기업들은 스마트폰 등 정보기술(IT) 제품을 생산하면서 MS 외에도 퀄컴, IBM 등 미국 기업의 핵심 특허기술을 사용하고 있다. 세무업계에선 미국 기업들이 2011년부터 작년까지 약 23조5000억원의 특허권 사용료를 한국 기업에서 받아가고 이에 대해 3조5000억원 안팎의 세금을 냈을 것으로 추정하고 있다.

하지만 대법원은 한·미 조세조약을 근거로 한국에 등록되지 않은 미국 기업 특허의 사용 대가에 국내에서 세금을 매길 수 없다는 판결을 1992년부터 고수하고 있다. ‘속지주의’ 원칙에 따라 특허권은 그 권리가 등록된 국가 안에서만 효력이 있다는 논리다.

기재부와 국세청은 이런 문제를 해결하고자 2008년 법인세법을 개정해 국내 미등록 특허권도 국내에서 제조·판매 등에 사용됐다면 세금을 매길 수 있는 근거를 만들어 과세를 시작했다. 하지만 법인세법 개정 이후에도 법원은 미국 기업이 제기하는 소송마다 전부 국세청 패소 판결을 내리고 있다. 법인세법 개정 이후 제기된 9건의 소송 중 5건은 대법원이 “세금을 환급하라”고 확정 판결했고 4건은 진행 중이다.

이상열 기자 mustafa@hankyung.com