환경부가 이명박 정부 초기 4대강 사업이 수질오염을 불러올 수 있다고 보고했다가 대통령실 요청으로 삭제한 것으로 드러났다.감사원이 4일 발표한 '4대강 살리기 사업 추진실태 점검 및 성과분석' 결과에 따르면 환경부는 2008년 1월 이명박 정부 대통령직 인수위원회에 대운하를 건설하면 보 설치로 하천이 호소(호수와 늪)화해 수질오염 발생 우려가 있다고 보고했다.
아울러 문제 발생 시 치유가 거의 불가능하다고 했다.
환경부는 이명박 정부 출범 이후인 2009년 3월 대통령실 등에도 4대강 사업으로 보를 설치하면 조류(녹조)가 발생하는 등 수질오염이 우려된다고 재차 보고했다.하지만 이 보고 후 대통령실로부터 조류와 관련한 표현을 삼가달라는 요청을 받았고, 이후 조류와 관련한 문안을 보고서에서 삭제하거나 순화했다.
이후 환경부는 소극적인 태도로 일관했다.
환경부는 2009년 5월 소속기관인 국립환경과학원을 통해 수질 개선 대책을 시행해도 4대강 사업 후 16개 보 구간 중 일부(9개)에서 조류 농도가 증가할 것이라는 예측 결과를 알게 됐다.하지만 추가로 마련할 대책이 없다거나 조류 문제를 보고해도 대통령이 의욕적으로 추진하는 사업 방향을 바꾸지 못할 것이라는 등 이유로 예측 결과를 공론화하거나 추가 대책을 검토하지 않았다.
결국, 2009년 6월 당초 수질 개선 대책 그대로 종합계획(마스터플랜)을 확정했다.
같은 해 5월과 7월, 이 대통령 등에게는 생화학적산소요구량(BOD) 기준으로 4대강 모든 수역에서 수질이 개선될 것이라고 사실상 왜곡된 보고를 했다.환경부는 그 후로도 9월과 12월 국립환경과학원으로부터 4대강 사업 후 일부 보 구간의 조류 농도가 증가할 것이라고 보고받았지만, 아무 조치 없이 당초 마스터플랜 계획 사업만 추진했다.
환경영향평가도 부적절하게 이뤄졌다.
이 대통령이 환경영향평가 기간을 단축해야 한다고 지시하자 환경부는 통상 5개월 걸리는 사전환경성검토와 10개월 걸리는 환경영향평가를 각각 2∼3개월 이내에 완료하기로 했다.
이후 2009년 7∼11월 한국환경정책·평가연구원의 검토 의견을 사전에 입수해 '조류 농도 예측 필요' 등 의견을 삭제하도록 한 것으로 드러났다.
환경부의 침묵은 독이 돼 부메랑으로 돌아왔고, 그 피해는 국토와 환경, 국민 몫이었다.4대강 사업 이후 해마다 녹조가 창궐하면서 '녹조라떼'라는 신조어까지 등장했다.