사모 부동산펀드와 학교 등 비영리법인이 보유한 토지 등에 대해 정부가 분리과세 혜택을 없애거나 줄이는 방향으로 법 개정을 추진하면서 논란이 일고 있다.사모 부동산펀드나 학교법인 등은 이전보다 두배 이상의 세금을 내게 돼 펀드 수익률이나 학교 운영에 타격이 예상된다고 반발하고 있다.
반면 정부는 분리과세 혜택으로 충분히 효과를 본 만큼 다시 합산과세 원칙을 적용해 과세 형평성을 높여야 한다는 입장이다.
21일 정부와 관련 업계에 따르면 행정안전부는 토지분 재산세 분리과세 필요성이 적은 토지를 종합·별도 합산과세 대상으로 환원하는 내용을 골자로 한 지방세법 시행령 개정안을 지난달 입법 예고했다.재산세 분리과세 제외 대상은 사모형 부동산 리츠·펀드가 소유한 토지, 종교단체·학교법인·사회복지법인 등 비영리사업자가 1995년 이전부터 소유하고 있는 수익용 토지, 농협 하나로마트 중 일부 대형 지점 부지, 인천공항공사 소유로 국제업무지구·공항신도시 등으로 고시된 토지다.
이들 토지는 그동안 정책적 지원과 보호가 필요한 분리과세 대상으로 분류됐고, 재산세를 납부할 때 종합·별도합산 과세 대상 토지보다 낮은 세율을 적용받아왔다.
하지만 정부안대로 법이 바뀌면 이들 토지가 종합·별도 합산과세 대상으로 환원되면서 기존에 공시지가의 0.2% 수준이던 재산세율이 내년부터 과세표준(과표) 구간에 따라 최고 0.48%로 높아진다.또 이전에는 면제였던 종합부동산세도 부과된다.
이 때문에 개정안 적용 대상인 사모 부동산펀드와 사립학교 측에서는 세 부담이 급격히 커진다며 반발하고 있다.
금융투자업계에서는 법 개정 시 국내 사모 부동산펀드의 세금 증가분이 연간 1천억원 안팎에 이른다고 추산하고, 이는 펀드 수익률 저하와 시장 위축으로 이어질 수 있다고 우려하고 있다.대신증권은 국내 사모 부동산펀드의 지난해 순자산총액 36조원을 기준으로 볼 때 인상되는 세금이 약 822억원에 이를 것으로 전망했다.
이에 따라 5.68%인 평균 수익률이 5%대 초반으로 0.23∼0.46%p 하락할 수 있으며 정부가 공시지가의 시가 반영률 등을 인상할 경우 수익률이 추가로 내려갈 수 있다고 예상했다.
사립학교들의 불만도 고조되고 있다.
사립대학들은 종부세와 재산세 증가분을 합쳐 연간 330억원가량의 세금을 더 내게 돼 등록금 동결과 학생 수 감소 등으로 어려운 학교 재정에 큰 부담이 될 것이라고 주장하고 있다.
이밖에 인천공항공사에서는 토지분 재산세와 종부세가 약 290억원에서 내년에는 1천130억원 이상으로 840억원 가까이 증가할 것으로 파악했다.
행안부는 그러나 이번 개정이 과세 형평성 면에서 필요하다고 설명했다.
세제지원의 목적이 충분히 달성되는 등 분리과세 필요성이 사라진 토지에 대해 계속 혜택을 주는 것은 불공평하므로 개정안의 큰 틀은 유지하겠다는 입장이다.
행안부 관계자는 "사모 부동산펀드의 경우 2006년 분리과세 대상이 되고서 현재까지 총 5천400억원의 세제 혜택을 받았다.
이는 애초에 지자체에서 공익적으로 사용됐어야 하는 재원"이라며 "이 기간 사모 부동산펀드 시장 규모가 13.6배로 성장하는 등 활성화 목적을 충분히 달성해 혜택을 종료하는 것이 바람직하다"고 말했다.
사모 부동산펀드의 주요 투자자가 국민 노후자금을 굴리는 국민연금과 공제회 등 연기금이라는 지적에는 "국민연금 총자산 가운데 사모 부동산펀드 투자 금액이 1.1%에 불과해 큰 영향이 없으며 분리과세 혜택이 유지되는 공모형 부동산펀드에 투자하면 된다"고 반박했다.
사학법인 등 비영리법인이 보유한 수익용 토지도 재산세 과표를 현실화한 데 따른 충격을 완화할 목적에서 1995년 이전 취득 토지만 분리과세로 전환했던 것으로, 유예기간이 20년 이상 지난 만큼 취득 시기에 따라 세율이 차등 적용되는 불합리를 개선할 필요가 있다고 행안부는 설명했다.
또 전체 학교법인(초·중·고교 및 대학, 평생교육기관 등 포함)의 세금 부담은 연간 311억원 증가하게 되지만 학교법인 751여곳 가운데 72.4%는 세 부담 변동이 없다고 해명했다.
행안부 관계자는 "세금이 연 1억원 이상 늘어나는 법인은 36개이며 이들은 시가로 수천억∼수조원에 이르는 수익용 부동산을 보유하고 있어 증가분을 감당할 수 있다고 본다"며 "또한 학교법인 보유 토지 중 수익용이 아닌 경우는 그대로 분리과세가 적용되고 교육용 토지도 그대로 재산세 면제 대상"이라고 말했다.이 관계자는 "인천공항공사 역시 법인세에서 비용처리로 공제되는 부분을 고려하면 실제 늘어나는 세금은 600억원가량이며 지난해 공사의 세전 당기순이익이 1조5천억원에 이르는 점을 고려하면 부담스러운 수준은 아니다"라며 "다만 활주로 주변 유보지 등 일부 세부 내용에 대해서는 추가로 협의할 계획"이라고 덧붙였다.