정경두 국방부 장관은 3일 북한 목선의 삼척항 입항 사건과 관련, "우리 군이 제대로 포착해 경계하지 못했고 국민에게 이런 상황을 제대로 설명드리지 못한 데 대해 국방장관으로서 깊은 책임을 통감하며 진심으로 사과의 말씀을 드린다"고 밝혔다.정 장관은 이날 국회 국방위원회 전체회의에 출석, 인사말을 통해 이같이 말한 데 이어 "우리 군에 대한 질책을 가슴 깊이 새겨 환골탈태하는 군의 모습을 보여드릴 것을 약속드리며, 국방위원들께서 따듯한 관심과 성원을 계속 보내주실 것을 부탁드린다"고 덧붙였다.
정 장관은 또 "우리 군은 역동적인 안보 상황 하에서도 한반도 비핵화와 항구적 평화 정착을 위한 정부의 외교적 노력을 군사적으로 뒷받침하면서 국가안보에 빈틈이 없도록 우리 군 본연의 임무를 완벽하게 수행하기 위해 모든 역량을 집중해 끊임없이 노력하겠다"고 강조했다.
그는 다만 "이번 사건은 9·19 남북군사합의와는 관련이 없다"며 "9·19 군사합의는 포사격을 중단한다든지 군사적 긴장도를 높이지 않도록 하는 차원"이라고 설명했다.그는 "평화 프로세스가 진행될 때일수록 군 대비태세를 완벽하게 하고 군 기강을 확립해야 한다는 것을 지속 강조했는데 이런 일이 발생해서 진심으로 죄송하다"며 "후속 조치를 확실히 하겠다"고 밝혔다.