국회는 제2공항 예산안을 통과하면서 부대의견으로 '국토교통부는 제주 제2공항을 추진하면서 도민 갈등 해소를 위해 도민 의견이 충분히 반영되도록 노력하고 이를 고려해 예산을 집행한다'는 조건을 달았다. 도민의견 반영을 강조한 부대의견으로 도의회 제2공항 건설갈등 해소를 위한 특별위원회' 활동이 힘을 받을 것으로 전망된다.
다만 부대의견이 예산집행의 선결적인 강제 조건이 아닌 당부의 의미로 기술돼 제2공항 건설사업 자체를 반대한 것은 아닌 것으로 풀이된다.
국회는 이와 함께 이번 수정 예산안에 제2공항과 연계해 공군기지 논란을 샀던 공군 남부탐색구조부대 창설 관련 연구 용역사업 예산안(1억5천500만원)은 전면 삭감했다.