[힘이 되는 부동산 법률] 토지거래허가와 관련된 조세쟁송의 쟁점정리

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1. 개론
토지거래 허가제도와 관련된 조세쟁송의 쟁점은 크게 3가지로 구분할 수 있다. 첫 번째는, 토지거래 허가가 없는 경우 조세채무가 성립할 수 있는지의 문제이고, 두 번째는 조세채무의 범위를 확정하기 위한 기준시점이 언제인지의 문제이며, 세 번째는 조세부과권의 제척기간의 문제라고 할 수 있다. 하나씩 차례로 살펴보기로 한다.
2. 조세채무의 성립 여부
가. 개론
토지거래허가 대상은 “유상”거래에 한정되는 바, 토지가 유상으로 이전된 경우에는 양도인에게는 양도소득세, 양수인에게는 취득세가 발생하게 되므로 이를 중심으로 살펴본다( 물론, 납세자가 부동산매매업을 하는 자연인이라면 양도소득세 대신 사업소득세를, 법인이라면 법인세를 부담할 수 있지만 소득의 발생이라는 관점에서 양도소득세와 같은 법리에 의하여 규율된다는 점에서 별도로 논하지 않는다).
나. 양도소득세
소득세법이나 법인세법상의 “양도”라 함은, 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매매, 교환 등으로 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 토지거래허가를 받으면 확정적으로 유효한 계약으로서 양도소득세가 부과될 수 있다는 점에는 의문이 없지만, 허가처분을 받아 확정적 유효로 되기 이전의 유동적 무효 상태에서 대금을 사실상 모두 지급받은 경우, “자산이 사실상 이전되는 경우”인 세법상 양도로 볼 수 있는지에 대해 논란이 있을 수 있다.
이에 대해 판례는, 유동적무효상태에서의 거래계약은 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 않고 있는 무효이기 때문에, 허가 이전에 매매대금이 먼저 지급되어 매도인이 이를 보관하고 있다 하여 이를 두고 양도소득의 과세대상인 자산의 “양도”에 해당한다거나 자산의 양도로 인한 소득이 있었다고 할 수는 없다고 판단하고 있다(다만, 허가배제잠탈계약의 경우에는 예외를 인정). 민사상 유동적무효의 법리를 세법에도 그대로 적용하고 있는 해석인 셈이다.
★ 대법원 2000. 6. 13. 선고 98두5811 판결 【양도소득세부과처분취소】
【판결요지】
[1] 국토이용관리법상의 토지거래허가지역 내에서의 매매계약 등 거래계약은 관할관청의 허가를 받아야만 그 효력이 발생하며, 허가를 받기 전에는 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 아니하여 무효라 할 것이고, 구 소득세법(1990. 12. 31. 법률 제4281호로 개정되기 전의 것) 제4조 제3항은 양도소득에 있어 자산의 양도라 함은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있어 경제적인 측면에서만 양도소득을 파악하여 이득의 지배관리나 향수를 하고 있는 지위에 있는 것만으로 양도소득이 있다고 판단하여서는 아니되므로, 토지거래허가를 받지 아니한 상태에서 단지 그 매매대금이 먼저 지급되어 매도인이 이를 보관하고 있다 하여 이를 두고 양도소득의 과세대상인 자산의 양도에 해당한다거나 자산의 양도로 인한 소득이 있었다고 할 수는 없다.
[2] 구 소득세법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15191호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항 제2호는 실지거래가액에 의할 경우로 조세부담을 회피할 목적으로 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우를 들고 있고 이에 터잡은 국세청 고시 제1996-16(1996. 2. 15. 고시)은 위 기준으로서 "거래단위별 양도가액(기준시가)이 금 1억 원 이상으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우"를 들고 있는바, '위 거래단위별 양도가액(기준시가)이 금 1억 원 이상'에 해당하는지 여부는 다른 특별한 사정이 없는 한 단일한 매매계약의 대상으로서 각 양도인별로 양도소득세 과세대상에 포함되는 전체 부동산의 양도가액 합계를 기준으로 판단해야 한다.
[3] 과세처분취소소송의 처분의 적법 여부는 과세액이 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 전부를 취소할 것이 아니다.
한편, 허가를 전제로 한 계약이 아니라 허가를 배제하거나 잠탈할 목적으로 이루어진 경우에는 예외적인 해석을 하고 있다(대법원 다수의견). 이런 계약은 비록 민사적으로는 확정적 무효로 취급되지만, 엄연히 매도인 등에게 종국적으로 매매대금 등이 보유되고 있고 또 법률상 무효라고 하여 양도소득세를 과세할 수 없다고 보는 것은 조세정의에 반한다고 보고 예외를 인정하고 있는 것이다. 위법소득에 대한 과세를 인정하고 있는 기존 대법원판례에 반한다는 학계의 비판을 수용하여 허가를 받지 않은 거래계약 중 허가배제잠탈계약에 한해 판례를 변경한 것이다.
★ 대법원 2011.7.21. 선고 2010두23644 전원합의체 판결 【양도소득세부과처분취소】
【판결요지】
[다수의견] (가) 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제88조 제1항 본문은 “ 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 ‘양도’라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.”라고 규정하고 있을 뿐 자산이 유상으로 이전된 원인인 매매·교환·현물출자 등(이하 ‘매매 등’이라 한다) 계약이 법률상 유효할 것까지 요구하고 있지 않다. 한편 매매 등 계약이 처음부터 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라 한다)에서 정한 토지거래허가를 배제하거나 잠탈할 목적으로 이루어진 경우와 같이, 위법 내지 탈법적인 것이어서 무효임에도 당사자 사이에서는 매매 등 계약이 유효한 것으로 취급되어 매도인 등이 매매 등 계약의 이행으로 매매대금 등을 수수하여 그대로 보유하고 있는 경우에는 종국적으로 경제적 이익이 매도인 등에게 귀속되고, 그럼에도 매매 등 계약이 법률상 무효라는 이유로 매도인 등이 그로 말미암아 얻은 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세할 수 없다고 보는 것은 매도인 등으로 하여금 과세 없는 양도차익을 향유하게 하는 결과로 되어 조세정의와 형평에 심히 어긋난다.
(나) 국토계획법이 정한 토지거래허가구역 내 토지를 매도하고 대금을 수수하였으면서도 토지거래허가를 배제하거나 잠탈할 목적으로 매매가 아닌 증여가 이루어진 것처럼 가장하여 매수인 앞으로 증여를 원인으로 한 이전등기까지 마친 경우 또는 토지거래허가구역 내 토지를 매수하였으나 그에 따른 토지거래허가를 받지 않고 이전등기를 마치지도 않은 채 토지를 제3자에게 전매하여 매매대금을 수수하고서도 최초 매도인이 제3자에게 직접 매도한 것처럼 매매계약서를 작성하고 그에 따른 토지거래허가를 받아 이전등기까지 마친 경우, 이전등기가 말소되지 않은 채 남아 있고 매도인 또는 중간 매도인이 수수한 매매대금도 매수인 또는 제3자에게 반환하지 않은 채 그대로 보유하고 있는 때에는 예외적으로 매도인 등에게 자산의 양도로 인한 소득이 있다고 보아 양도소득세 과세대상이 된다고 보는 것이 타당하다.
같은 논리로 대법원은 양도소득세를 포탈한 피고인에 대하여 범죄를 인정하는 판단을 하고 있다.
★ 대법원 2012. 2. 23.선고 2007도9143 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)
-- 피고인은 00식품 주식회사(아래에서는 ‘00식품’이라 한다)로부터 토지거래허가구역 내의 이 사건 토지를 포함한 19필지의 토지를 매수하기로 하는 매매계약을 체결하면서 토지거래허가를 받을 의사 없이 전매차익을 얻을 목적으로 계약금만을 지급한 상태에서 그 중 이 사건 토지를 취득할 수 있는 권리를 이00, 이**에게 양도하고 그 양도대금을 지급받았으며, 그 후 이00, 이**은 이 사건 토지를 00식품으로부터 직접 매수하는 형식의 매매계약서를 작성하고 그에 대한 관할 관청의 토지거래허가를 받아 피고인을 거치지 아니하고 직접 소유권이전등기를 마친 사실을 알 수 있다.
이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 피고인이 이 사건 토지에 대한 토지거래허가를 받거나 소유권이전등기를 마칠 의사 없이 00식품으로부터 이 사건 토지를 매수하여 이00, 이**에게 그 토지를 취득할 수 있는 권리를 양도하였으므로 이00, 이**이 자신들과 00식품을 이 사건 토지의 매매당사자로 하여 토지거래허가를 받았다 하더라도 00식품과 피고인 사이의 매매계약 및 피고인과 이00, 이** 사이의 양도계약은 모두 확정적으로 무효라고 할 것이나, 이미 그와 같이 무효인 계약에 기하여 00식품으로부터 이00, 이** 앞으로 소유권이전등기가 마쳐진 채 말소되지 아니하고 남아 있고, 피고인은 이00, 이**로부터 받은 양도대금을 반환하지 아니한 채 그대로 보유하고 있으므로, 피고인에게는 이 사건 토지를 취득할 수 있는 권리의 양도로 인한 소득이 있고, 그것은 양도소득세의 과세대상이 된다.
그럼에도 이와 달리 원심은, 피고인과 00식품 사이의 매매계약 및 피고인과 이00, 이** 사이의 양도계약이 모두 무효인 이상 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도나 그 양도로 인한 소득이 있었다고 볼 수 없다고 보아, 양도소득세의 과세대상 소득이 발생하였음을 전제로 피고인이 부정한 방법으로 그에 대한 양도소득세를 포탈하였다는 내용의 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률 위반(조세)죄가 성립하지 아니한다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 위 죄의 구성요건 충족의 전제가 되는 양도소득세 과세대상 소득의 발생에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 취지인 상고이유의 주장은 이유 있다.
다. 취득세
유동적 무효상태에서 취득세를 과세할 수 있는지에 대해서 판례는, 유동적무효의 민사법리를 그대로 적용해서 이를 부정하고 있다(물론, 앞서 본 2010두23644 전원합의체 판결의 판시를 감안하면, 허가배제잠탈 계약의 경우에는 취득세과세도 가능할 것이다).
★ 대법원 1997. 11. 11. 선고 97다8427 판결 【부당이득금반환】
[1] 취득세는 신고납세 방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채권의 이행으로 하는 것이며 국가나 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 따라 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다.
[2] 국토이용관리법상의 토지거래허가구역 안에 있는 토지에 관한 매매계약 등 거래계약은 관할 관청의 허가를 받아야만 효력이 발생하며 허가를 받기 전에는 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 아니하여 무효라고 할 것이며, 토지에 대한 거래허가를 받지 아니하여 무효의 상태에 있다면 매수인이 매매대금을 전액 지급했다 하더라도 매수인이 토지를 취득했다고 할 수는 없다고 할 것이므로 매수인이 토지거래허가구역 안에 있는 토지에 관한 매매계약을 체결하고 매도인에게 그 매매대금을 모두 지급하였다고 하더라도, 그 취득세 신고 당시 관할 관청으로부터 토지거래허가를 받지 못하였다면 그 토지를 취득하였다고 할 수 없고, 매수인이 자진 신고 납부 해태에 따른 부가세의 부담 등을 염려하여 취득세의 자진 신고 납부를 하고 시장으로부터 토지의 위 거래에 관한 토지거래허가신청에 대하여 불허가처분을 받자 토지의 매도인들과 매매관계를 청산한 다음 당시의 지방세법상 납세의무자에 대한 과오납금환부신청권 등 구제수단이 마련되어 있지 않아 부득이 민사소송에 의하여 위 취득세액의 반환을 청구한 것이고, 달리 매수인이 그 토지에 관하여 납세자라고 오인될 만한 객관적 사정을 찾아 볼 수 없는 경우, 매수인의 취득세 신고행위는 특별한 사정으로 말미암아 조세채무의 확정력을 인정할 여지가 없는 중대하고 명백한 하자가 있는 것으로 당연 무효이다.
★ 서울고등법원 2012. 7. 11. 선고 2012누4144 취득세등부과처분취소
1. 처분 경위
가. 주식회사 ####는 주택건설 및 부동산 분양업을 목적사업으로 하여 설립된 회사로서, 용인 **동 도시개발사업(이하 ’이 사건 사업‘이라고 한다)을 추진하기 위하여 토지거래계약 허가구역 내에 있는 용인시 기흥구 **동 산 123 일대 토지 196,360.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 매수하는 내용의 매매계약을 체결하고, 2006. 12. 29.부터 2007. 4. 19.까지 매도인에게 잔금 총 177,107,748,105원을 지급하였다.
나. 원고는 2006. 3. 31. 주식회사 ####의 발행주식 74,000주 중 37,740주를 취득하여 51%의 지분을 소유하는 대주주였는데, 2007. 10. 9. 추가로 22,260주(지분 30.08%)를 취득하여 총 60,000주, 지분으로는 81.08%를 소유하게 되었다.
다. 주식회사 ####는 이 사건 토지 중 용인시 기흥구 **동 650-3 토지 등 일부에 대하여는 2009. 1. 8.에, 같은 동 653-2 토지 등 일부에 대하여는 2009. 1. 30.에 토지거래계약 허가를 받았고, 나머지 토지들은 2009. 1. 30. 국토해양부 공고 제2009-48호로 토지거래계약 허가구역에서 해제되었다.
라. 피고는 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제6항, 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제2항에 따라 주식회사 ####의 과점주주인 원고가 2007. 10. 9. 추가로 주식 22,260주를 취득함으로써 당시 회사가 잔금지급을 완료해 놓은 이 사건 토지 중 증가된 주식의 비율 30.08% 만큼을 취득한 것으로 보고, 2010. 12. 15. 원고에게 53,274,101,629원을 과세표준으로 하여 취득세 1,640,735,770원(= 본세 1,065,482,030원 + 가산세 575,253,740원), 농어촌특별세 164,073,570원(= 본세 106,548,200원 + 가산세 57,525,370원) 합계 1,804,809,340원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). 이 사건 처분 당시 가산세는 취득세 신고기한이 원고의 주식 추가취득일인 2007. 10. 9.로부터 30일 후인 2007. 11. 8.이라는 것을 전제로 계산되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고가 한 주장
1) 토지거래계약 허가구역 내의 토지를 매수하고 잔금을 지급한 후 토지거래계약 허가를 받거나 토지거래계약 허가구역에서 해제된 경우, 취득세법상 취득시기는 잔금지급일이 아니라 토지거래계약 허가일 또는 토지거래계약 허가구역 해제일로 보아야 한다. 따라서 주식회사 ####가 이 사건 토지를 취득한 시기는 원고가 회사 주식을 추가로 취득한 이후로서 토지거래계약 허가일 또는 토지거래계약 허가구역 해제일인 2009. 1.경으로 보아야 하므로, 원고가 한 주식 취득은 구 지방세법 제105조 제6항에서 정한 과세대상이 아니다. 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.
2) 주식회사 ####는 이 사건 토지를 국가 또는 지방자치단체에 귀속 또는 기부채납할 것을 조건으로 취득하였다. 따라서 이 사건 토지 취득은 구 지방세법 제106조 제2항에 따라 취득세 비과세대상이다. 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.
3) 구 지방세법 제105조 제6항은 ‘법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때’ 취득세를 부과한다고 규정하고 있다. 위 규정은 문언상 과점주주가 아닌 자가 주식을 취득하여 최초로 과점주주가 된 경우만을 과세대상으로 보는 것인데, 구 지방세법 시행령 제78조 제2항은 이미 과점주주인 자가 주식의 비율을 증가시킨 경우까지 과세대상으로 하고 있으므로, 모법의 위임을 벗어나 무효이다. 따라서 무효인 위 시행령 조항을 근거로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
4) 설령, 이 사건 토지의 취득시기를 잔금지급일로 보더라도, 토지거래계약 허가일을 기준으로 과세하는 것이 과세관청의 실무였던 점 등에 비추어 보면, 원고가 취득세를 신고·납부하지 않고 있었던 데에는 정당한 사유가 있다. 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.
나. 관계 법령
별지 기재와 같다.
다. 판단
토지거래계약 허가구역 내에 있는 토지를 매수하고 잔금을 지급한 후 토지거래계약 허가를 받거나 토지거래계약 허가구역에서 해제된 경우, 그 토지 취득시기는 토지거래계약 허가를 받거나 토지거래계약 허가구역에서 해제된 때라고 보아야 한다. 따라서 주식회사 ####는 원고가 회사 주식을 추가로 취득한 2007. 10. 9. 이후로서 토지거래계약 허가 또는 토지거래계약 허가구역 해제 무렵인 2009. 1.경 이 사건 토지를 취득하였으므로, 이 사건 토지 취득에는 구 지방세법 제105조 제6항이 적용되지 않는다. 따라서 이 사건 처분은 원고가 한 나머지 주장을 살필 필요 없이 위법하다. 그 이유는 다음과 같다.
1) 구 지방세법 제105조 제2항에 의하면 부동산 취득에서 민법 등 관계법령 규정에 의한 등기 등을 이행하지 않은 경우라도 사실상 취득한 때에는 이를 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, ‘사실상 취득’이란 등기와 같은 소유권 취득에 관한 형식상 요건을 갖추지는 못하였으나 대금 지급과 같은 소유권 취득을 위한 실질상 요건을 갖춘 경우를 말하고(대법원 2001. 2. 9. 선고 99두5955 판결 참조), 국토의 계획 및 이용에 관한 법률상 토지거래계약 허가구역 안에 있는 토지에 관한 매매계약 등 거래계약은 관할 관청의 허가를 받아야만 효력이 발생하며 허가를 받기 전에는 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 아니하여 무효이다. 매수인이 대금을 전액 지급하였다 하더라도 토지거래계약 허가를 받지 아니한 상태에서는 소유권 이전 청구도 하지 못하므로 토지를 취득한 것이 아니다(소유권 이전 청구를 할 수 있는데도 형식상 요건인 소유권 이전 청구를 하지 않는 것과 다르다).
2) 매매계약이 토지거래계약 허가를 받지 아니하여 무효인 상태에 있다면 그 대금 전액이 먼저 지급되었다 하더라도 아직은 취득세의 과세대상인 취득이 존재하지 않으므로 매수인에게 취득세의 신고․납부의무가 발생하였다고 할 수 없고, 토지거래계약 허가를 받거나 토지거래계약 허가구역에서 해제된 이후에야 취득세의 과세대상인 취득이 인정되어 취득세 부과가 가능하므로, 이 경우 구 지방세법 제120조 제1항에서 취득세 신고․납부의무의 발생일로 정한 ‘취득한 날’은 그 계약이 확정적으로 유효하게 된 토지거래계약 허가일 또는 토지거래계약 허가구역 해제일로 보는 것이 타당하다.
3) 구 지방세법 제120조 제1항은 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일 이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있다. 피고 주장과 같이 잔금을 지급한 날을 취득시기로 보는 경우, 매수인은 토지거래계약 허가를 받을 수 있는지가 확실하지 않은 상태에서 취득세를 신고‧납부하여야 하는 결론에 이르게 되어 부당하다. 또, 피고 주장과 같이 해석하는 경우, 사실상 과세관청은 이 사건과 같이 토지거래계약 허가를 받게 된 이후 취득시기를 잔금지급일로 보아 소급하여 과세하게 될 것인데, 잔금을 지급한 날과 토지거래계약 허가를 받게 된 날이 5년 이상 차이가 나는 경우에는 제척기간 도과로 취득세 부과처분을 할 수 없게 된다는 점에서도 부당하다(대법원 2003. 7. 8. 선고 2001두9776 판결 등 참조).
4) 소득세법 제105조 제1항 제1호에서는 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약 허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세과세표준 예정신고를 하도록 규정하고 있다. 취득세의 경우에도 토지거래계약 허가를 받은 날을 기준으로 취득세를 신고하도록 하는 것이 위 소득세법 규정의 취지와 맞다.
3. 결론
제1심 판결 중 취득세와 농어촌특별세 본세 부분에 관한 원고 패소 부분을 취소하고, 이 사건 처분 중 취득세와 농어촌특별세 본세 부분을 취소한다. 피고가 한 항소를 기각한다.
★ 소득세법 제105조 (양도소득과세표준 예정신고)
① 제94조제1항 각 호에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.
이는, 소득세법상의 양도소득세와 지방세법상의 취득세는 과세거래의 “객체”가 취득과 양도라는 다른 측면일 뿐, 거래의 “유효” 여부라는 점에서는 달라질 수 없다는 판단으로 보인다. 매매계약이 해제된 경우에 양도소득세는 부과할 수 없지만 취득세는 부과할 수 있다고 판단하는 등 취득세의 “취득”이라는 개념을 양도소득세의 “양도”보다도 형식적으로 파악하고 있는 것이 기존 판례의 견해이지만, 유동적 무효의 법리를 취득세부과에도 그대로 유지하는 해석으로 이해된다.
★ 대법원 1988.10.11. 선고 87누377 판결 【취득세부과처분취소】
취득세는 그 부동산의 취득행위를 과세객체로 하여 부과하는 행위세이므로 그에 대한 조세채권은 그 취득행위라는 과세요건사실이 존재함으로써 등기여부와 상관없이 당연히 발생하고, 일단 적법하게 취득한 다음에는 그후 합의에 의하여 계약을 해제하고 반환하는 경우에도 이미 성립한 조세채권의 행사에 영향을 줄 수 없다.
3. 양도(취득)시기의 문제
가. 양도소득세의 경우
거래 허가구역 내의 토지매매는 대금을 모두 지급하더라도 양도소득세 납세의무가 발생하지 않고 거래 허가가 있어야만 양도소득세 납세의무가 발생하지만, 허가를 득할 경우 양도의 시기는 “대금청산일”을 기준으로 한다는 것이 대법원 판례이다. 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 소유권 등 권리의 이전에 관한 계약의 효력이 전혀 발생하지 아니하지만 일단 허가를 받으면 그 계약은 “소급”하여 유효한 계약이 된다는 법리를 그대로 세법에도 적용하고 있다.
★ 대법원 1997. 6. 27. 선고 97누5145 판결 【양도소득세등부과처분취소】
국토이용관리법상 토지거래허가지역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 청산한 다음 허가를 받아 소유권이전등기를 마친 경우에, 비록 그 매매계약은 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 소유권 등 권리의 이전에 관한 계약의 효력이 전혀 발생하지 아니하지만 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로, 양도소득 산정의 기준이 되는 토지의 양도시기는 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것) 제27조 및 구 소득세법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14083호로 개정되기 전의 것) 제53조 제1항의 각 규정에 의하여 등기접수일이 아니라 대금청산일이다.
나. 취득세의 경우
지방세법 시행령상 유상취득의 시기는 사실상의 잔금지급일로 규정되고 있는 바, 판례는 양도소득세에서의 “양도”시기와 마찬가지로 취득세에서의 “취득”시기도 동일하게 해석하고 있다.
★ 대법원 2000. 6. 27. 선고 98두3174 판결 【취득세등부과처분취소】
[1] 구 지방세법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15211호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제3항 제4호에 의하면 '내무부령이 정하는 농업·축산업 또는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득하는 전·답·과수원·목장용지 및 임야는 정당한 사유가 없는 한 법인의 비업무용 토지로 보되, 다만 취득한 날로부터 1년 이내에 그 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 해당하는 용도에 직접 사용하는 경우는 제외한다'고 규정하고 있는바, 같은 시행령 제77조에 정한 현황부과의 원칙상 같은 시행령 제84조 제3항 제4호의 전·답·과수원·목장용지 및 임야에 해당하는지의 여부는 공부상에 기재된 지목이 아니라 사실상의 현황을 기준으로 하여 판단하여야 한다.
[2] 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제111조 제5항 제3호, 제7항, 같은법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15211호로 개정되기 전의 것) 제73조 제1항, 제82조의2 제1항 제2호에 의하면 취득세에 있어서의 취득의 시기에 관하여 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일에 취득한 것으로 보되, 다만, 잔금을 계약상의 지급일 전에 사실상 지급한 경우와 법인장부 중 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서에 의하여 취득가격이 입증되는 취득 등에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 국토이용관리법상 토지거래허가지역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 잔금을 지급한 다음 허가를 받은 경우에, 비록 그 매매계약은 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 소유권 등 권리의 이전에 관한 계약의 효력이 전혀 발생하지 아니하지만 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로, 취득세 중과대상이 되는 법인의 비업무용 토지의 취득시기는 같은법시행령 제73조 제1항의 규정에 의하여 계약상 또는 사실상의 잔금지급일로 보아야 한다.

다. 법인세의 경우
비업무용 부동산의 취득시기와 관련해서 법인세가 문제될 수 있다. 비업무용 토지인지 여부는, 법인세법상 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입, 업무무관비용의 손금불산입, 조세특례제한법상의 증자소득공제 여부 등과 관련될 수 있다. 판례는, 원칙적으로 당해 부동산의 대금 청산시점으로 보고 있다.
★ 대법원 1999. 7. 9. 선고 97누7219 판결 【법인세부과처분취소】
토지매매에 관하여 거래허가를 받지 아니한 관계로 그 계약의 사법적 효력이 유동적으로 무효인 상태하에서도 잔금을 청산하여 이를 업무에 사실상 사용할 수 있는 상태가 되었다면 그 때를 구 법인세법시행규칙(1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제1호 소정의 비업무용 부동산 보유 법인에 대한 차입금의 지급이자 손금불산입 규정의 유예기간 산정의 기산일이 되는 부동산의 취득시점으로 보아야 할 것이다.
양도소득세, 취득세와 동일선상에서도 그러하지만, 기업자금을 부동산거래에 따른 투기적 이익을 도모하는 데 사용하는 것을 제한코자하는 손금불산입 규정의 입법취지상, 토지거래 허가가 없더라도 비업무용 부동산으로 판정이 되면 법인세 산정에 있어서 법령에 의하여 계산된 지급이자 상당은 손금불산입하는 것이 타당하다는 점에서 판례의 결론은 타당한 것으로 이해되고 있다.
4. 과세권의 제척기간 기산일
일반적으로 양도소득세는 대금을 청산한 다음 연도 5.1부터 5.31까지 과세표준 확정신고를 해야하고 따라서 양도소득세 부과의 제척기간은 그 다음날부터 진행하게 된다.
그런데, 매매대금을 모두 지급받았지만 거래 허가를 받지 못한 경우에도 양도시기인 대금청산일을 기준으로 제척기간을 기산하여야 할 것인지가 의문일 수 있게 되는데, 판례는 토지거래허가지역의 지정이 해제되는 등의 사유로 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 때에 양도인에게 비로소 자산의 양도로 인한 소득이 있게 된다는 논리로, 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 다음 연도 5. 1.부터 5. 31.까지 과세표준확정신고를 하여야 하고, 양도소득세 부과의 제척기간은 그 다음날부터 진행한다고 판시하고 있다.
★ 대법원 2003. 7. 8. 선고 2001두9776 판결 【양도소득세부과처분취소】

자산의 양도에 따른 양도소득세 부과의 제척기간은 원칙적으로 그 과세표준확정신고기한이 종료하는 시점의 다음날인 자산의 양도시기 다음 연도 6. 1.부터 진행하지만, 토지거래허가지역 내의 토지거래계약이 허가를 받지 아니하여 무효의 상태에 있다면 단지 매매대금이 먼저 지급되어 양도인이 이를 보관하고 있다 하여도 이를 두고 양도소득세 과세대상인 자산의 양도에 해당한다거나 자산의 양도로 인한 소득이 있었다고 할 수 없으므로, 이와 같은 경우의 양도인은 구 소득세법(1999. 12. 28. 법률 제6051호로 개정되기 전의 것) 제110조 제1항 소정의 당해 연도의 양도소득금액이 있는 거주자가 아니어서 과세표준확정신고의무가 없고, 그 후 토지거래허가지역의 지정이 해제되는 등의 사유로 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 때에 양도인에게 비로소 자산의 양도로 인한 소득이 있게 되는 것이므로, 양도인은 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 다음 연도 5. 1.부터 5. 31.까지 같은 법 제110조 제1항 소정의 과세표준확정신고를 하여야 하고, 양도소득세 부과의 제척기간은 그 다음날부터 진행한다.
일반적으로는 양도시기, 과세가능시기, 제척기간 기산일은 동일한 기준으로 정해지게 되는 바, 양도시기의 다음 해 5. 30.까지 양도소득세 신고를 하고 그 다음날부터 부과처분을 할 수 있으며, 동시에 제척기간도 진행하게 된다. 하지만, 거래 허가구역 내의 토지양도에서는 양도시기와 과세가능시기가 달라지는, 즉 양도시기는 원칙적으로 대금청산일 기준임에 반해, 세금부과가능시기는 토지거래 허가를 얻은 이후라는 괴리가 발생하게 되고, 그 결과 양도시기와 제척기간 기산일의 분리를 초래할 수 밖에 없는데, 토지거래 허가를 받기 전에는 법률상이나 사실상 모두 양도소득세를 부과할 수 없어 매매계약 당사자가 토지거래 허가를 늦춤으로써 부과권의 제척기간을 자의로 도과시켜버리는 불합리한 결과가 발생할 수 있다는 점을 감안할 때 제척기간 기산점에 관한 판례의 해석은 합리적이라고 판단된다.
※ 칼럼에서 인용된 판결의 전문은 최광석 변호사의 홈페이지인 www.lawtis.com에서 참고하세요.


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