벤처기업 인증받고 건물 임대업 추가…法 "취득세 감면 부당"

위생용 종이용품 제조업으로 벤처기업 인증 받아
취득세 감면 받아 구입한 건물로 '고시원 임대업'
法 "창업일 당시 업종 아니야"

서울행정법원. /박시온 기자

제조업으로 벤처기업 인증을 받은 기업이 건물을 매입해 임대업에 활용했다면 취득세 감면을 받을 수 없다는 법원의 판단이 나왔다.

28일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정2부(신명희 부장판사)는 A사가 서울시 금천구청을 상대로 "취득세 부과처분을 취소해달라"며 낸 소송에서 원고 패소 판결을 내렸다.

2016년 3월 설립된 A사는 대나무로 만든 화장지와 생리대 등을 생산했다. A사는 같은 해 12월 환경형 예비사회적기업으로 선정된 데 이어 다음 해 벤처 기업 인증을 받았다. A사는 인증 당시 인증 당시 취득세 감면이 가능한 '위생용 종이제품 제조업'으로 업종을 등록했다.

이후 A사는 2019년 6월 서울 금천구 소재 지상 8층 건물을 매수했다. A사는 "창업벤처중소기업 사업용 부동산에 해당한다"는 사유로 취득세 75%를 감면받아 8500여만원을 납부했다. 현행 지방세특례제한법은 벤처기업으로 확인받은 기업이 창업일 당시 업종의 사업을 목적으로 취득하는 부동산에 대한 취득세를 경감해준다.

A사는 이렇게 매입한 건물을 고시원 임대 사업에 사용했다. 이에 금천구가 2020년 5월 "건물을 제조업 공장 용도로 쓰지 않은 것은 취득세 추징 사유"라며 A사에게 2억5000만원을 부과했다.

A사는 이에 불복해 금천구를 상대로 "추징 사유가 없다"며 금원 환급 경정 청구를 냈지만 거부당했다. 조세심판청구마저 기각되자 A사는 행정소송을 제기했다. A사는 "임대업을 목적 사업으로 추가했고 사업 범위 내에서 건물을 사용하고 있으므로 과세 처분은 위법하다"고 주장했다.

법원은 A사의 주장이 타당하지 않다고 봤다. 재판부는 "A사가 부동산을 취득할 무렵 임대업을 사업 목적에 포함시켰다고 하더라도 '창업일 당시 업종(제조업)'에 사용하지 않았다"고 판단했다. 재판부는 "새로운 사업을 최초로 개시할 때 원시적인 사업창출 효과가 있는 경우 세제 감면 혜택을 주려는 것이 법의 취지"라고 설명했다.

박시온 기자 ushire908@hankyung.com