오피스텔 투자 수익률을 최종적으로 결정짓는 것은 매도할 때 납부한 부가가치세와 양도소득세 금액이다. 오피스텔은 세법 항목에 따라 적용을 달리하므로 취득, 보유, 처분까지 전 과정에서 유의 깊게 검토해야 한다.
오피스텔을 분양받거나 사업자로부터 매수한 경우에는 부가가치세를 환급받을 수 있다. 매수 시점에 사무용으로 사용하기로 하고 부가세를 환급받은 경우엔 계속 사무용으로 사용해야 한다. 도중에 주거용으로 전환한다면 주거용으로 사용하게 된 날의 다음 달 25일까지 신고하고 부가가치세를 납부하면 가산세를 적용받지 않는다. 반면 세무서로부터 주거용으로 사용하고 있음이 확인되면 가산세까지 납부해야 한다.오피스텔을 매도할 때도 건물과 관련 부가가치세를 정산해야 한다. 오피스텔 매도자는 전체 매매 금액에서 토지분과 건물분의 기준시가 비율을 안분해 건물분에 해당하는 부가가치세를 매수자로부터 받아 세무서에 납부해야 한다. 매수자는 납부한 부가가치세를 세무서로부터 환급받는다. 계약서상 부가가치세 별도라는 내용을 기재하지 않았다면 매매금액에서 부가가치세를 부담해야 하므로 투자 수익 차원에서 매우 불리하다.
다만 실무에서 임대차 계약이 체결된 오피스텔의 경우 포괄양수도 조건으로 거래하고, 부가가치세를 별도로 납부한 뒤 환급받는 절차를 간소화하기도 한다. 포괄양수도 조건으로 매수했지만 임대차 계약을 종료하고 직접 사용하는 등 포괄양수도 조건을 만족하지 못하는 경우엔 부가가치세 추징의 대상이 되므로 유의해야 한다.
오피스텔을 매도하는 경우 양도소득세 산정도 중요하다. 오피스텔은 사무용 건물이므로 주택이 아닌 건물의 양도소득세를 적용받는다. 분양권 상태에서 매도할 수 있고, 준공 후 건물 상태에서도 팔 수 있다. 오피스텔 분양권을 팔 때는 세법에서 정한 단기 중과세율(70%, 60%)이 적용되는 대상이 아니므로 일반적인 단기세율(1년 미만 50%, 1~2년 40%)이 적용된다.오피스텔 분양권을 2년 이상 보유한 상태에서 매도하는 경우에는 60%의 분양권 양도세율이 아닌 누진세율이 적용된다. 오피스텔이 준공돼 건물로 사용하고 있다면 건물의 취득 시점부터 계산해 2년 이상이 되는 경우 최대 45%의 누진세율 적용이 가능하다.
이와 별개로 1가구가 하나의 오피스텔만을 소유하고 있으며, 그 오피스텔을 주택으로 사용하고 있는 경우에는 1가구 1주택 비과세의 요건을 적용해 양도할 때 비과세도 적용받을 수 있다. 양도소득세는 실질 과세를 우선으로 한다. 주거용 오피스텔의 경우 실제로 주택으로 사용하고 있음이 확인된다면 주택으로 적용할 수 있다.
반면 주거용 오피스텔을 임대해 세입자로부터 월세를 받고 있다면 유의해야 한다. 특히 다른 주택을 양도할 때 보유하고 있는 오피스텔 중 주거용으로 사용하고 있는 오피스텔이 있다면 반드시 현황 등을 확인하고 다른 주택 양도에 영향을 미치는 부분이 없는지를 검토해야 한다. 주택임대사업자로 등록된 내역이 있는 오피스텔의 경우 양도소득세를 계산할 때 주택으로 보기 때문에 다른 주택 양도 때 주택 수에 합산되기 때문이다.오피스텔을 주택으로 사용하고 있으면서 주택이 아닌 것으로 판단하고 다른 주택을 양도하는 경우에는 비과세라고 알고 있었던 부분이 2주택 세율(현재는 일반세율)이 적용될 수 있다. 특히 12억원이 넘는 고가주택은 비과세와 과세의 차이가 크다. 오피스텔을 주택으로 사용하지 않았다고 증명하기 위해서는 세입자 전입신고를 금지한다거나 하는 정도로는 충분하지 않다. 실제 그 사용자가 사무실로 이용하고 있다는 것을 명확하게 해야 한다.