병무청은 정부의 의대 증원 방침에 반발해 집단행동에 돌입한 병역 미필 전공의들이 국외여행허가를 신청하면 일단 보류하고 본청에 명단을 통보하라고 지방청에 지시한 것으로 21일 확인됐다. 병무청은 지방청에 보낸 공문을 통해 "최근 의대 정원 확대를 둘러싼 '전공의 집단사직서 제출' 언론 보도와 관련해 현 상황이 안정될 때까지 의무사관후보생(전공의)의 국외여행허가 지침을 보다 세분화해 운영한다"고 밝혔다.
집단행동으로 사직서를 제출해 업무개시명령 대상자가 된 경우 정상 수련 중인 전공의와 마찬가지로 소속기관장 추천서를 꼭 받도록 했다.
본인 질병 등 사유로 정상 퇴직해 업무개시명령 대상자가 아닌 경우 현행대로 소속기관장의 추천서를 생략할 수 있도록 했다. 다만 어떤 경우라도 전공의가 국외여행허가를 신청하면서 추천서를 제출하지 않으면 일단 허가를 보류하고 메모 등의 방식으로 본청에 즉시 통보하도록 했다.
대한의사협회 비상대책위원회 측은 전공의가 국외여행허가를 신청하면 일단 보류하라는 병무청 지시에 대해 "병무청은 중범죄자들에게만 제한적으로 발령되는 출국금지 명령이나 다름없는 공문을 보냈다"면서 "정부가 의사들을 강력범죄자와 동일시 하는 것"이라고 비난했다.
전공의를 포함해 병역의무를 이행하지 않은 대한민국 남성은 모두 국외여행 전에 병무청의 승인을 받아야 한다. 병무청은 설명자료를 통해 "보건복지부로부터 업무개시명령을 받은 의무사관후보생은 소속된 기관으로 복귀해 근무해야 하는 사람으로서 본인이 사직서를 제출했다고 해도 퇴직 처리가 완료된 것으로 볼 수 없어 정상 수련 중인 사람과 동일하게 국외여행허가 민원을 처리하려는 것"이라고 해명했다.
병무청은 지방청에 공문을 발송한 이유에 대해선 "지방병무청에서 의무사관후보생을 대상으로 한 국외여행허가 민원처리 때 혼선이 발생하지 않도록 하기 위한 것"이라고 밝혔다.